Lain cherche son avenir. Stan cherche son passé. Année 2992. Heavendale est une ville oubliée du monde. Lain, une jeune femme, y arrive et espère oublier son passé en démarrant une nouvelle vie. Mais quand Stan Howard, un jeune homme habitant les lieux, la bouscule par mégarde un soir, tout change pour eux. Ils découvrent tous les deux qu'un lien étrange et très fort les relie. Des phénomènes insolites vont dès lors se produire dans leur environnement et des quantités d'obstacles se dresseront sur leur chemin. Lain sera confrontée aux énigmes qui régissent sa propre existence. Petit à petit, à la suite de multiples aventures, le voile se lèvera, et son ami Stan apprendra avec stupéfaction ce qui est caché derrière l'objet de ses recherches, à savoir la mort de sa propre mère.