Carter, géologue américain des années 1960, tente d’oublier la mort de sa fille et sa séparation avec Ellen. Après la découverte d’un glacier souterrain, la NASA finance ses recherches en échange d’un isolement total dans un gouffre. Six mois prévus deviennent cinq ans : à sa sortie, une apocalypse nucléaire a ravagé le monde. Recueilli par des survivants, Carter infiltrent une ville de « peaux douces » qui trafiquent les irradiés, puis retrouve Ellen dans une Citadelle souterraine dirigée par Sterling, responsable du bombardement destiné à créer une « nouvelle humanité ». Avec Ellen et ses alliés, Carter déjoue un second bombardement et aide à rebâtir une vie autour de la Citadelle.